Aktuality

06/11/2017

Pracovní pozice

Vědecký asistent/pracovník se zaměřením na profilování signálních drah a molekulárních cílů

CZ-OPENSCREEN: Národní infrastruktura chemické biologie (Ústav molekulární genetiky AV ČR, v.v.i.) hledá vysoce motivovaného spolupracovníka pro buněčné a biochemické profilování bioaktivních látek a potenciálních léčiv.

Pracovní náplň:

  • Vývoj a provádění experimentů s vysokou propustností (high-throughput screening, HTS)
  • Koordinace činnosti malého pracovního týmu 2-4 lidí
  • Práce s tkáňovými kulturami (etablované nádorové linie a primární buňky)
  • Vývoj buněčných testů pro profilování knihoven chemických sloučenin
  • Experimenty založené na změně fenotypu buněk s využitím widefield/konfokální mikroskopie a impedanční label-free technologie
  • Pokročilá obrazová analýza, vytěžovaní znalostí z dat, dekonvoluce signálních drah v buňce, identifikace molekulárních cílů a identifikace molekulárních mechanizmů účinku bioaktivních látek

Požadavky:

  • Ph.D. v oboru biochemie, molekulární/buněčné biologie či příbuzných biomedicinálních oborů
  • Znalosti z oblasti buněčné signalizace a biochemických drah
  • Rozhodnost, schopnost komunikovat a spolupracovat s členy týmu, efektivně organizovat čas
  • Schopnost prezentovat a publikovat výsledky vědecké práce
  • Ochota učit se novým věcem, samostatnost, abstraktní a kritické myšlení, kreativita, flexibilita
  • Dobrá znalost anglického jazyka slovem i písmem podmínkou

Platové a jiné podmínky:

Nabízíme dobré platové ohodnocení, pracovní smlouvu na 1 rok s možností prodloužení na 5 let. Místo výkonu práce je Praha.

Unikátní možnost pracovat v nové a špičkově vybavené infrastruktuře a v dynamicky se rozvíjejícím multidisciplinárním týmu zahrnující specialisty v oborech biochemie, molekulární a buněčné biologie, medicinální chemie a cheminformatiky.

Sociální výhody:

5 týdnů dovolené, stravenky, možnost sportovního vyžití v krčském areálu Akademie věd (squash, volejbalový́ kurt, basketbal, posilovna).

Pracovní úvazek: plný pracovní úvazek

Počátek pracovního poměru: dle dohody, možno ihned.

V případě zájmu o tuto pozici zašlete motivační dopis a Váš profesní životopis nejpozději do 30.11.2017 na adresu jana.brazinova@img.cas.cz.

 

28/07/2017

Probes & Drugs – portál, který šetří čas

Probes & Drugs

logo Nature Methods

Svět je nabitý informacemi, valí se na nás ze všech stran. Jak ale najít ty pravdivé, jak se vyvarovat polopravd a lží? Jak informace správně zkombinovat, aby výsledný úsudek dával správný smysl? S těmito problémy se potýkáme všichni, ovlivňuje to naše rozhodování, náš úsudek. Taková analýza zabere mnohdy daleko více času, než jsme si původně mysleli. Na Ústavu molekulární genetiky AV ČR vyvinuli webový portál, který výrazně usnadní práci s informacemi nejen vědcům, kteří se primárně zabývají chemickými sloučeninami a jejich účinkem na živé organismy.

Portál s jednoduchým, ale výstižným názvem “Probes & Drugs” (do češtiny přeložitelným jako Próby a léky) v současné době obsahuje více než 30 000 sloučenin a číslo stále narůstá. Na jednom místě jsou zde shromážděna veřejně dostupná data o těchto sloučeninách, která jsou jinak roztroušena v různých databázích po světě, často velmi těžko dohledatelná. Jedná se především o biologicky aktivní látky, u kterých je již buď částečně či úplně známá aktivita vůči různým proteinům, v konkrétních biologických systémech či jejich terapeutický účinek. Zatímco léky jsou jasně popsané a k užívání schválené sloučeniny, chemické próby nebo, chcete-li, sondy se běžně používají ke studiu funkcí genů, ověřování cílových molekul či k popsání buněčných procesů, a jejich biologická aktivita je popsána mnohdy pouze částečně. V databázi najdeme struktury jednotlivých sloučenin, případně informace s jakými dalšími látkami je možné danou sloučeninu nahradit. Samotný portál využívá data o těchto sloučeninách a různě je kombinuje podle požadavků uživatelů. Někdo by mohl namítnout, že není přece tak výjimečné či obdivuhodné, že si někdo dal práci nashromáždit všechna dostupná data „pod jednu střechu“, ale jak uvádí Petr Bartůněk, vedoucí týmu, který tuto databázi připravil a spravuje: „Kouzlo Probes & Drugs spočívá hlavně v tom, že na jedno až dvě kliknutí myší můžete během několika sekund (minut) nalézt souvislosti mezi sloučeninami, ke kterým jste se dříve dopracovali po dlouhých hodinách prosezených u svých počítačů. Naše databáze tak vědcům ušetří mnoho času. A navíc, díky promyšlenému jednoduchému uživatelskému designu mohou v databázi hledat a poměrně rychle se zorientovat i naprostí laici, kteří viděli chemický vzorec naposledy na základní škole.“ Bohužel se stává, že informace o chemických próbách, které jsou uváděny v databázích, mohou být zastaralé či v horším případě i chybné, ale přesto jsou nadále vědeckou komunitou používané. Jak vysvětluje Ctibor Škuta, doktorand z týmu Petra Bartůňka: „Probes & Drugs se snaží tyto chybně uváděné informace o chemických próbách eliminovat. To je velmi důležité, protože tak lze předejít omylům a mnoha vědcům ušetřit čas a případně i peníze. Naši databázi samozřejmě neustále aktualizujeme o nejnovější data. “

Důležitost Probes & Drugs portálu byla stvrzena přijetím vědeckého článku, který jej popisuje, do prestižního časopisu Nature Methods (článek vyjde v jeho srpnovém čísle). Samotný portál se otevřel svým uživatelům 26. 7. 2017 a jen čas ukáže, nakolik si budou vědci Probes & Drugs cenit, jak hojně portál budou využívat ke svým úvahám, jak často se k němu budou vracet. Nezbývá než popřát jejím tvůrcům hodně pozitivních zpětných vazeb a hodně citací “Probes & Drugs”.

https://www.probes-drugs.org

celý článek (Nature Methods)

http://dx.doi.org

 

05/09/2016

SLAS Translating Research Ideas into Future Therapeutics Conference

Skupina SLAS pořádá ve dnech od 29. do 30. listopadu 2016 v belgické Lovani konferenci „Translating Research Ideas into Future Therapeutics”. Témata konference přitahují pozornost akademických pracovníků, farmaceutických skupin, zástupců výzkumných infrastruktur, organizací poskytující smluvní výzkum a poskytovatelů dotací napříč celou Evropou. SLAS konference tak umožňuje sledovat vývoj nových terapeutik a inovací jak na akademických pracovištích, tak v soukromých firmách.

Více informací zde.

 

20/10/2015

 

 

Aktualizovaná verze Cestovní mapy ČR velkých infrastruktur

Ministerstvo školství, mládeže a tělovýchovy vypracovalo aktualizovanou verzi Cestovní mapy ČR velkých infrastruktur pro výzkum, experimentální vývoj a inovace pro léta 2016 až 2022. V oblasti Biomedicíny byla opět zařazena "CZ-OPENSCREEN: Národní infrastruktura chemické biologie".

Více informací zde.

 

14/07/2015

Zařazení EU-OPENSCREEN do aktualizované verze ESFRI Cestovní mapy 2016

Během plenární schůze ESFRI´s Working Group on Implementation dne 12. června 2015 bylo rozhodnuto, že projekt EU-OPENSCREEN bude zařazen do seznamu aktivních projektů v aktualizované verzi ESFRI Cestovní mapy 2016. Její vydání je plánováno ke konci roku 2015.

Více informací zde.

 

25/11/2014

Studuj Bioinformatiku

Skvělá možnost studovat Bioinformatiku na VŠCHT Praha ve studijním programu Chemická informatika a bioinformatika. Garantuje Laboratoř informatiky a chemie.

Bioinformatika je skloubením molekulární a buněčné biologie, biochemie, statistiky a počítačové vědy. Zabývá se nejen vývojem nástrojů pro přístup, používání a správu biologických databází, ale především analýzou, interpretací a vyhledáváním vztahů v molekulárně-biologických datech.

Studijní obor Bioinformatika si klade za cíl vychovat všestranné odborníky na analýzu, zpracování a interpretaci dat získaných v biologii, biochemii, biomedicíně a dalších souvisejících oblastech. Absolvent studia získá hluboké vzdělání v přírodních vědách (chemie, molekulární biologie, matematika a statistika). Informatika pro něj pak představuje užitečný nástroj, který mu bude pomáhat naplňovat hlavní cíl jeho práce, jímž je hledání zákonitostí a vztahů v živých systémech.

Více informací zde.

 

24/9/2013

Slavnostní otevření infrastruktury

Obrázek: Slavnostní otevření centra CZ-OPENSCREEN za účasti (zleva) ministra školství, mládeže a tělovýchovy Dalibora Štyse, hlavního koordinátora EU-OPENSCREEN Ronalda Franka a ředitele Ústavu molekulární genetiky AV ČR, v.v.i. Václava Hořejšího

 

Ve středu 24. září 2013, kdy bylo například uveřejněno, že opět vzrostla národní a zahraniční důvěra v českou ekonomiku, zaznamenala Česká republika další významný okamžik. Téhož dne bylo v rámci Ústavu molekulární genetiky AV ČR, v. v. i. slavnostně otevřeno centrum mezinárodní excelence „CZ-OPENSCREEN: Národní infrastruktura chemické biologie“, které je současně národním uzlem panevropské výzkumné infrastruktury ESFRI EU-OPEENSCREEN.

Jak bylo uvedeno v Akademickém bulletinu AV ČR., nově vybudované centrum se především zaměřuje na hledání sloučenin účinných v boji s neurodegenerativními a nádorovými onemocněními, poruchami krvetvorby či diabetem.  Více zde.

Centrum je vybaveno špičkovými přístroji, které jsou obsluhovány týmem kvalitních vědců. Tím je zaručena významná podpora základního výzkumu v České republice. O tom a mnohém dalším vypráví redaktorka Petra Benešová ve vysílání Českého rozhlasu. Více zde.

Mezi novinkami na stránkách Akademie věd ČR je ke zhlédnutí video dokumentující činnost infrastruktury a její přínos jak pro českou vědu, tak i pro celou Českou republiku. Více zde.

Magazín Týden.CZ dokonce uvádí, že infrastruktura CZ-OPENSCREEN představuje špičkové výzkumné centrum pro chemickou biologii a genetiku a vybudování centra má podle vědců pro Česko zásadní význam a posune český výzkum v oblasti chemické biologie a genetiky na evropskou úroveň. Více zde.